Benjamin Franklin mất ngày 17 tháng 4 năm 1790, ở tuổi 84. Khoảng 20.000 người đã tham dự lễ tang ông. Ông được chôn cất tại Nghĩa trang Nhà thờ Chúa cứu thế tại Philadelphia, Pennsylvania. Nghĩa trang Nhà thờ Chúa cứu thế cũng là nơi chôn cất Benjamin Rush. Một trong những ngôi nhà ông từng sống tại Phố Craven Street trước kia được treo một tấm biển xanh và từ đó đã được mở cửa cho công chúng với tên gọi Nhà Benjamin Franklin House[39]. Năm 1728, khi còn là một chàng trai trẻ, Franklin đã viết những dòng ông muốn được ghi lên mộ chí sau này: "Thân xác của B. Franklin Thợ in; Như Trang bìa một cuốn Sách cũ, Nó chứa bên trong những trang đã rách, Và mất đi một số Chữ cũng như Vẻ hào nhoáng, Nằm đây, làm Mồi cho Giun dế. Nhưng Tác phẩm sẽ không mất đi tất cả: Vì nó sẽ, như ông tin tưởng, sẽ xuất hiện một lần nữa, trong một Tái bản mới và hoàn hảo hơn, được Sửa chữa và Thay đổi bởi Tác giả. Ông sinh ngày 17 tháng 1 năm 1706. Mất 17."[40] Tuy nhiên, ngôi mộ thực của Franklin, như ông đã miêu tả trong bản di chúc cuối cùng của mình[41], chỉ đơn giản có chữ "Benjamin và Deborah Franklin."

Trong cuốn sách Cuộc đời Benjamin Franklin do chính ông viết, một đoạn (rõ ràng không phải của ông viết) có đề cập tới cái chết của ông: "...khi sự đau đớn và khó thở hoàn toàn rời khỏi ông, và gia đình ông đang tự dối lừa mình với những hy vọng ông sẽ hồi sinh, khi một ung nhọt, đã hình thành từ trước trong phổi ông, bỗng vỡ ra, làm tràn lan máu mủ, mà ông tiếp tục nôn ra khi còn sức khỏe để làm điều đó; nhưng, bởi nó đã không thể, cơ quan hô hấp dần bị bóp nghẹt; một sự hôn mê tiếp diễn, và vào ngày 17 tháng 4 năm 1790, lúc 11 giờ đêm, ông lặng lẽ ra đi, đóng lại một cuộc đời dài và hữu ích tám mươi tư năm và ba tháng"

Khi mất, Franklin đã để lại cho mỗi thành phố Boston và Philadelphia £1.000 (khoảng $4.400 ở thời điểm đó), ủy thác trong 200 năm. Khoản ủy thác này bắt đầu năm 1785 khi một nhà toán học người Pháp tên là Charles-Joseph Mathon de la Cour viết một bài châm biếm cuốn Poor Richard's Almanack (Almanack của Richard Nghèo) của Franklin, gọi là Fortunate Richard (Richard Giàu). Trong đó ông chế nhạo tinh thần không dung thứ của chủ nghĩa lạc quan Mỹ thể hiện ở Franklin. Người Pháp này đã viết một bài về Fortunate Richard để lại một khoản tiền theo di chúc, khoản tiền này sẽ chỉ được sử dụng sau khi nó đã được gửi tiết kiệm trong 500 năm. Franklin, người khi ấy đã 79 tuổi, viết thư lại cho người Pháp, cảm ơn ông ta về một ý tưởng hay và thông báo với ông rằng mình đã quyết định để lại 1.000 pounds ủy thác cho mỗi thành phố quê hương ông là Boston và thành phố ông đã coi là quê hương mình Philadelphia, với điều kiện nó phải được đặt trong một quỹ để lấy lợi tức trong 200 năm. Tới năm 1990, khoản tiền của Franklin tại Philadelphia đã lên hơn $2.000.000 từ khi ông mất. Trong khoảng thời gian ủy thác 200 năm, Philadelphia đã dùng nó cho nhiều chương trình cho vay với người dân địa phương. Từ năm 1940 tới năm 1990, số tiền này chủ yếu được dùng cho những khoản vay thế chấp. Khi hết thời gian ủy nhiệm, Philadelphia đã quyết định đầu tư khoản tiền này cho các sinh viên đại học. Khoản tiền của Franklin tại Boston đã lên tới $5.000.000 cùng trong thời gian đáo, và cuối cùng đã được dùng để thành lập một trường thương mại, cùng với thời gian, đã trở thành Viện Franklin Boston.[42]

Di sản bất hủ của Benjamin Franklin khiến hình ảnh ông xuất hiện ở nhiều nơi. Chân dung Franklin xuất hiện trên đồng 100 dollar Mỹ (vì thế, đồng tiền $100 thỉnh thoảng được gọi theo tên lóng là "Benjamins" hay "Franklins.") Từ 1948 tới 1964, chân chung Franklin cũng được in trên đồng nửa dollar. Trong quá khứ, ông cũng từng xuất hiện trên tờ $50, cũng như nhiều phiên bản tờ $100 giai đoạn 1914 và 1918, và nhiều tờ $100 từ năm 1928 tới nay. Franklin cũng xuất hiện trên Savings bond tờ $1.000 Series EE. Như một hành động để tỏ lòng tôn kính Franklin, thành phố Philadelphia có khoảng 5.000 bức chân dung ông, một nửa trong số chúng được đặt trong trường Đại học Pennsylvania. Ngoài ra, Đại lộ Ben Franklin tại Philadelphia (một đường phố chính) và Cầu Ben Franklin (cầu lớn đầu tiên nối Philadelphia với New Jersey) cũng được đặt theo tên ông.

Năm 1976, như một phần trong chiến dịch kỷ niệm hai trăm năm thành lập Hoa Kỳ, Nghị viện đã quyết định dựng một bức tượng bằng đá mable cao 20-foot (6 m) tại Viện Franklin ở Philadelphia làm Đài tưởng niệm Quốc gia Benjamin Franklin. Nhiều đồ vật cá nhân của Franklin cũng được trưng bày tại đây. Đây là một trong số ít những khu tưởng niệm quốc gia đặt trong một khu đất thuộc sở hữu cá nhân.

Năm 1998, những người công nhân tu sửa ngôi nhà của Franklin tại London (Benjamin Franklin House) đã đào được những bộ xương của sáu trẻ em và bốn người lớn giấu bên dưới. The Times đã đưa tin ngày 11 tháng 2 năm 1998:

Những ước tính ban đầu cho thấy những bộ xương có tuổi khoảng 200 năm và đã được chôn ở thời gian Franklin sống trong ngôi nhà này, từ 1757 tới 1762 và từ 1764 tới 1775. Đa số những bộ xương đều có dấu hiệu cắt rời, bằng cưa hay dao. Một chiếc đầu lâu đã bị đục nhiều lỗ. Paul Knapman, Nhân viên điều tra Westminster, đã nói ngày hôm qua: "Tôi không thể hoàn toàn bỏ qua khả năng về một tội ác. Vẫn còn có một khả năng tôi sẽ mở một cuộc điều tra."

Friends of Benjamin Franklin House (tổ chức chịu trách nhiệm phục hồi ngôi nhà của Franklin tại 36 Craven Street ở London) lưu ý rằng dường như những bộ xương đó đã được William Hewson, người từng sống tại ngôi nhà này trong 2 năm và đã xây dựng một trường giải phẫu nhỏ phía sau ngôi nhà, chôn ở đó. Họ lưu ý rằng tuy Franklin có thể biết điều Hewson đang làm, có lẽ ông đã không tham dự vào bất kỳ cuộc mổ xẻ nào bởi ông là một nhà vật lý chứ không phải là bác sĩ.[43]